其核心机制在于通过关卡中随机获取的增益效果来强化初始忍者，从而应对逐渐提升的挑战难度。玩家开局会被赋予宇智波佐助和漩涡鸣人作为基础角色，后续的强度构建完全依赖于每通过一关后所随机抽取的增益效果，这些效果将直接决定后续战斗的流畅度与通关可能性。理解并围绕核心增益进行构建是通关该模式的首要前提，而非依赖固定的忍者阵容或外部条件进行不可行的转变。
一种被验证有效且操作体验流畅的通关策略是构建以缩短替身术冷却时间为核心的无限替身流打法。该策略的构建优先级非常明确，首要选择的是能够减少替身术冷却时间或使用替身术不消耗查克拉的增益效果，这是整个打法循环的基础。应当优先选择在成功使用替身后能为角色恢复生命值的增益，这能极大增强续航能力，弥补操作失误带来的损伤。在此保障之上，则可以进一步考虑选择那些能在替身后增强下一次攻击伤害的增益，例如爆炎弹、扦插之术或冰柱等，以提升输出效率。
为了配合上述增益循环，在通灵兽和秘卷的选择上也需要有明确的倾向性。通灵兽方面，猿魔的击飞效果能够有效创造输出或调整站位的机会。秘卷则推荐携带土流枪，其攻击范围与伤害能力可以很好地融入替身后的反击节奏中。在实际操作中，玩家甚至可以专注于使用角色的某一个强力技能进行输出，在技能释放后利用高频的替身术来规避伤害并触发回血与增伤效果，形成攻防一体的战斗节奏，但需要注意躲避类似黑炎那种具有持续伤害、无法通过替身术直接规避的特殊攻击。
装备系统的培养是支撑角色在幻之秘境中走得更远的重要基础，其获取与强化途径自成体系。装备的核心来源是秘境探险通关后的稳定奖励，玩家每次成功挑战后都能获得基础饰品。若想追求更高品质的装备，可以使用金币进行翻牌，这是快速集齐套装的关键途径。在属性选择上，应优先考虑带有生命加成或攻击加成的装备，这类属性在秘境挑战中最为实用。装备强化所需的材料主要通过分解多余饰品和参与组织活动获取，将日常副本中获得的低阶装备分解积攒材料是长期培养的必要过程。需要留意的是，装备的等级无法超过玩家当前的等级，因此同步提升角色等级至关重要。
